内府置中郎将，副为左右郎将，以下团﹑旅﹑队的设置略同外府。内府有亲﹑勋﹑翊的区分，兵士分别号为亲卫、勋卫、翊卫，合称三卫。统领内府三卫兵的是:左右卫，统亲府一、勋府二、翊府二，共五府;左右卫率，统亲、勋、翊府各一;其余卫、率，各统翊府一。

内府卫士取二品至五品官的子孙充当，外府卫士取六品以下官的子孙及白丁无职役者。在此范围内，征发原则是先富后贫，先强后弱，先多丁后少丁。府兵虽然包括官僚子弟和一般地主，但仍以均田农民为主体。

府兵制创立以后，规定三年一拣点以补充缺额(玄宗时改为六年)，其服役期限为二十一岁至五十九岁(玄宗时曾有缩减)。服役期间，府兵本身免除课役，但军资、衣装、轻武器(弓箭、横刀)和上番赴役途中的粮食、均须自备。每一火(一火十人)还得共备供运输的马六匹(或用驴)，即所谓\"六驮马\"。自备资装对于农民是沉重的负担。

卫所制度又称卫所制为明朝的最主要军事制度，为明太祖所创立，其构想来自于隋唐时代的府兵制。明代在与元朝及元末群雄争战期间，军队的来源，有诸将原有之兵，即所谓从征，有元兵及群雄兵归附的，有获罪而谪发的，而最主要的来源则是籍选，亦即垛集军，是由户籍中抽丁而来。除此之外尚有简拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以后又有强使民为军的方式，不过都属於少数，卫所制仍然是最主要的军制。

明代自京师达于郡县，皆设立卫、所，外统于都司，内统于五军都督府。也就是说，卫、所分属于各省的都指挥使司，各省的都指挥使司又由中央的五军都督府划片管辖(云南都指挥使司隶属于中央右军都督府)。都指挥使司下辖若干个卫，卫下辖一定数量的千户所和百户所。

这两种制度的缺陷就是军人的土地问题，由于随着人口的增长，一块土地的粮食生产量不变，但是要养活更多的军人家属，再加上土地到后来越风月少，每个人得到的也就越来越少加上浩强地主的土地兼并，最终引起这两种兵役法的奔溃。现在对于刘尧的问题土地都不是问题，南方还有许多没有开垦的土地，一些少数民族地区占领后还有更多的土地资源，刘尧还下令在郑成功水师变量成功后进攻台湾岛，将那里肥沃的土地作为以后军户的后备田。

改革方针确定之后，刘尧将荆州，扬州，豫州，交州四洲的主要军事主管回合到襄阳开展培训，将军权收拢到燕王府新设的枢密院，五军都督府。以后军队训练，军官晋升及军饷发放都要交给五军都督府；战时策划，军队发展方向和大的军事动作则是由刘尧自己的总参谋部枢密院管理。枢密院分社两个枢密使，在下面四个参知政事，在军中大多是沙场老将，二逢皇名来的皇甫嵩正是接任了右枢密使的职务，朱儁做了左枢密使。朱儁(jun)(?－195年)，字公伟。会稽郡上虞县(今浙江上虞)人。东汉末年名将。朱儁出身寒门，少年时因赡养母亲而闻名。其为人好义轻财，乡里都敬重他。后被太守徐珪举为孝廉。迁任兰陵令，有特殊政绩，被上表推荐。不久拜交州刺史，仅率家兵五千人就大破叛军，平定交州。战后以功封都亭侯，入朝为谏议大夫。

光和七年(184年)，黄巾起义，拜朱儁为右中郎将、持节。平定三郡之地后，被皇甫嵩上表推功，进封西乡侯，迁任镇贼中郎将。不久进拜右车骑将军，更封钱塘侯。后为河内太守，击退进逼的张燕。董卓秉政时，想以朱儁为副手，遭他婉拒。李傕专政时以朱儁为太尉，录尚书事。后行骠骑将军事，持节镇关东。兴平二年(195年)，李郭相攻时，郭汜扣留朱儁为人质，朱儁性格刚烈，同日即发病而死。

五军都督府是让大量现役的武将担任，由于调整后的四洲军队不过40万人，这还包括一大半属于半民兵的卫所军，最重要的是很多将领年纪太年轻，自身能力和威望不够，因此五军都督府的最高职位都是处于空去的状态。