就在金门的明军积极布防的时候，清军大军却停止了军事行动，施琅的水军也不再抵近金门岛了，由此引发的紧张局势似乎有所缓解，但是几乎所有人都有了一种大战将至的感觉。

清军也在积极的调配物资，为登陆金门做好准备，而施琅这个时候却带着几艘清军的战船绕过明军的眼线，向南方驶去。

时间又过去了半个多月，似乎是见清军暂时没有进攻金门的打算，所以金门岛上明军的恐慌的情绪稍稍安定了一些，但是身为金门的最高指挥官郑经这时候却丝毫不敢掉以轻心，十余天之前澎湖的明军终于赶到了金门，这使得他心中的那丝担忧消除了一些，郑经以为郑成功既然肯把这支军队交给自己指挥，说明他心中并没有对自己起疑心，或者说目前暂时没有。

金门的水军力量加强了之后，清军的水军战船就收敛了很多，明军水军取得了金门一带的海面的控制权，这使得明军没有防守清军登陆的紧迫感，明军直到等到台湾的大队援军抵达金门的时候，这种情况将会再一次改观。

但是这个时候台湾的明军也遇到了麻烦，从南洋过来的商船传出消息，说一支由十五艘战船组成的远征队正在北上，这支船队正是从巴达维亚过来的荷兰援军，荷兰人援军赶来的速度要比郑成功预想中的要快上不少，但是他也已经有了一些准备，之前以为荷兰人不会派遣援军过来，所以布置的那些防御方案都准备作废了，这个时候也要重新捡起来了。

郑成功这个时候染上了热疾，明军军医和岛上的本地医生都没有办法彻底治愈他的这种病，台湾岛上气候十分闷热和潮湿，这使得郑成功身上的许多旧伤备受折磨，加上身患热疾，郑成功这几个月来身形越发消瘦了。

不过郑成功这个时候思路还比较清楚，他只道自己的大儿子有二心，他自己不愿意称王或者称帝，也绝不愿意自己后人有人僭越，所以特意在澎湖布置了一支水军，以防止金门突发变故，后来郑成功知道自己病体沉重，恐怕久拖难治，因此也不愿意引起明军的内乱，所以在金门有难的时候将自己布下的这支军队还是交到了自己长子的手中，希望他为了明军的未来着想，不要为了一己之私毁了整个明军。

明军这个时候已经在台湾岛上面安定了下来，岛上空地很多，郑成功一方面派遣军士在承天府（原赤嵌城）周边荷兰人原有的耕地周边继续开垦，一面吸引岛上的汉人前来承天府中入籍，吸引他们入籍之后鼓励他们参与到开垦的队伍中去，并按每户二十亩地实行均田制。

台湾岛上的汉人跟原住民高山族等少数民族素有不和，郑成功令人送信给几处较大的部落的首领，让他们下山来接受明军的调解，这些部落的首领畏惧明军的军事实力，不敢不来，郑成功将自己的调解方案当着汉人代表和部落首领的面宣读出来，在调解协议中郑成功规定岛上汉人和部族人地位平等，禁止互相殴斗，违者严惩，然后又答应安排传授高山族人种植的技术和优良的种子，鼓励他们和汉人进行通商，在承天府中定居，同时向他们部族中进行征兵。